Последним клубом 32-летнего хавбека был ярославский «Шинник». Также Бакаев выступал за российские «Оренбург», «Анжи» и «Аланию», в общей сложности проведя в российской премьер-лиге четыре сезона.

В КПЛ Бакаев уже выступал с 2014 по 2017 год, когда защищал цвета «Кайрата». В составе алматинского клуба он трижды становился серебряным призером чемпионата, дважды выигрывал Кубок, а еще один раз — Суперкубок. Всего в КПЛ опорный полузащитник провел ровно 100 матчей.