14 июля 2005 года Слуцкий был назначен главным тренером футбольного клуба «Москва».
Слуцкий опубликовал видео дебютного интервью в роли главного тренера «Москвы». В комментарии пришел друг тренера, нападающий тольяттинского «Акрона» Артем Дзюба. «Какой голос нежный, добрый. Куда все это пропало?» — иронично написал Дзюба в комментариях к размещенному тренером видеоролику.
Леонид Слуцкий официально возглавил «Шанхай Шэньхуа» в январе 2024 года. В тренерский штаб 53-летнего специалиста вошли Олег Яровинский и бывший защитник сборной России Василий Березуцкий, который по завершении сезона в Китае стал главным тренером азербайджанского «Сабаха».
«Шанхай Шеньхуа» под руководством Слуцкого дважды победил в розыгрышах Суперкубка Китая, а также завоевал серебряные медали чемпионата Китая, уступив одно очко клубу «Шанхай Порт». «Шэньхуа» показал лучший результат в своей истории в китайской Суперлиге, набрав 77 очков.
Леонид Слуцкий на протяжении карьеры возглавлял сборную России, ЦСКА, «Рубин», «Крылья Советов», английский «Халл Сити» и голландский «Витесс». Его контракт с «Шанхай Шэньхуа» рассчитан до конца 2025 года.