Инициатором стал студент Франц Джон из Берлина, предложивший название в честь Баварии — земли, где Мюнхен был центром. В команде собрались студенты, мелкие торговцы и служащие района Швабинг — клуб сразу стал «народным».
Дебютный матч 31 марта против «MTV 1879» завершился разгромом 7:1. В 1906 году для финансовой стабильности «Бавария» объединилась с «MTV», сменив цвета на бело-красные — отсюда прозвище «ротхозе» (красноштанники).
В 1910—1911 годах «Бавария» завоевала чемпионство Южной Германии с Максом Габлонски из сборной. К 1920-му клуб насчитывал 700 членов и доминировал в Мюнхене. Сенсация 1932-го — национальный титул после победы 2:0 над «Айнтрахтом» Франкфурт.
После Второй мировой под руководством Курта Ландауэра (1947) клуб возродился: в 1960-х выиграл 4 Бундеслиги подряд, а в 1974—1976 — три Кубка европейских чемпионов с Беккенбауэром и Мюллером. Сегодня — рекордсмен Германии (33 Бундеслиги, 20 Кубков) и Европы (6 ЛЧ), символ устойчивости и успеха.
