Создание РФС произошло на фоне распада СССР и хаоса в постсоветском футболе: московские клубы («Спартак», «Динамо», «ЦСКА», «Торпедо», «Локомотив») отказались участвовать в предложенном чемпионате СНГ, организованном пленумом Федерации футбола СССР 10 января 1992 года.
Конференция, созванная по инициативе Вячеслава Колоскова, объединила представителей клубов и региональных федераций, игнорировавших Федерацию футбола РСФСР Юрия Ныркова и Всероссийскую ассоциацию футбола Анзора Кавазашвили. Президентом РФС единогласно избрали Колоскова, чьи позиции укрепились благодаря поддержке лидеров столичных команд (Олег Романцев, Павел Садырин, Валерий Газзаев и другие). В тот же день при РФС образовали Профессиональную футбольную лигу (ПФЛ) под руководством Николая Толстых, что заложило основу для первого чемпионата России.
РФС быстро получили признание ФИФА и УЕФА, обеспечив участие сборной России в международных турнирах. Организация взяла на себя проведение РПЛ, Кубка России, Суперкубка, формирование сборных и развитие футбола во всех его видах — от профессионального до детско-юношеского. Штаб-квартира разместилась в Москве, а уставы адаптировали под правила FIFA.
За 30+ лет РФС пережила смену 8 президентов: от Колоскова (1992−2005) через Мутко, Фурсенко, Толстых к Александру Дюкову (с 2019). Союз вручал премии «Лучший футболист России», развивал инфраструктуру и инклюзивный футбол, став лауреатом европейских наград. РФС остается ключевым органом российского футбола, определяющим его вектор в эпоху транснациональных вызовов.
