В 2022 году УАФ лишила Тимощука тренерской лицензии, а также аннулировала его титулы чемпиона Украины, обладателя Кубка и Суперкубка страны, завоеванные в составе донецкого «Шахтера» в период с 2001 по 2006 год. В 2024 году Спортивный арбитражный суд (CAS) в Лозанне постановил, что лишение этих титулов является неправомерным.
В марте 2025 года Министерство молодежи и спорта Украины лишило Тимощука званий мастера спорта и заслуженного мастера спорта.
«Понимаю, что в нынешних реалиях отношение ко мне нынешних властей моей страны не изменится. Только человека нельзя лишить того, что он заработал своим трудом. Звание заслуженного мастера спорта Украины мне вообще присвоили за победу “Зенита” в Кубке УЕФА. И в “Шахтере”, и в “Зените”, и в национальной сборной отдавался футболу полностью. Рад, что CAS встал на мою сторону. Для меня это был вопрос чести и достоинства», — сказал Тимощук.
Анатолий Тимощук перешел в «Зенит» летом 2007 года из «Шахтера» за 14,5 млн евро. Он провел за российский клуб 150 матчей, в которых забил 18 мячей и отдал три голевых передачи. В составе «Зенита» Тимощук выиграл пять трофеев, в том числе Кубок УЕФА в 2008 году.
После окончания игровой карьеры в 2016 году Тимощук вошел в тренерский штаб «Зенита», где работает и по сей день.
Тимощуку принадлежит рекорд сборной Украины по числу сыгранных матчей (144). В 2022 году УАФ исключила его из реестра игроков украинской сборной и объявила рекордсменом Андрея Ярмоленко, на счету которого сейчас 126 матчей.
