Шенахен возглавляет «Фотинайнерс» с 2017 года и все это время работает вместе с генеральным менеджером Джоном Линчем. При них команда трижды выиграла Западный дивизион НФК, дважды стала чемпионом конференции и четыре раза дошла до финала НФК.
В регулярных чемпионатах при Шенахене «Сан-Франциско» одержал 83 победы при 67 поражениях. В прошлом сезоне команда, несмотря на большое количество травм, завершила регулярный чемпионат с результатом 12−5 и победила «Филадельфию» в раунде уайлд-кард.
Ранее контракт Шенахена был рассчитан до конца сезона-2027.