57-летний специалист возглавил национальную команду в январе 2022 года. Под руководством хорвата Таджикистан впервые в истории дошёл до ¼ финала Кубка Азии, где проиграл будущим финалистам турнира сборной Иордании со счётом 0:1.
Всего Шегрт провёл у руля сборной Таджикистана 24 матча (11 побед, семь ничьих и шесть поражений).
Кроме четвертьфинала Кубка Азии, Шегрт принёс Таджикистану два трофея: в 2022-м сборная под его руководством выиграла King’s Cup 2022 в Таиланде, а в 2023 году — Кубок Мердека в Малайзии.
