Никитин возглавил «Локомотив» в сентябре 2021 года. Под его руководством клуб дошел до финала Кубка Гагарина-2024, где уступил «Металлургу», а в следующем сезоне впервые в истории завоевал трофей, победив в финале «Трактор».
После чемпионства Никитин по собственной инициативе расторг контракт с клубом из Ярославля и вернулся в ЦСКА.
В сезоне-2025/26 «Локомотив» выиграл Кубок Гагарина под руководством тренера Боба Хартли. В это межсезонье команду возглавил Дмитрий Квартальнов.
— «Локомотив» выиграл два Кубка Гагарина подряд и идет за третьим уже с третьим главным тренером. Видите ли вы заслугу Игоря Никитина и его тренерский багаж в возможном чемпионском хет‑трике команды?
— Вы знаете, я не хочу обсуждать эту тему. Уже говорил, что все лежит на поверхности. Что об этом говорить?
Вы все знаете, я все знаю. Зачем повторять? Нет смысла, — сказал Яковлев.