6 августа 2016 года Бердыев покинул «Ростов» и остался без работы. Он должен был сменить Дмитрия Аленичева на посту главного тренера «Спартака», но это назначение так и не состоялось. В сентябре Бердыев вернулся в «Ростов», но уже в качестве вице-президента и тренера консультанта.
«Бердыев сам виноват, зачем про него говорить? Федун его звал в “Спартак” на должность главного тренера. А он хотел игроков потащить за собой. Была такая ситуация, что он еще что-то хотел, но они с Федуном в итоге пожали руки.
Через некоторое время Бердыева позвал Гурам Аджоев в “Локомотив” просто пообщаться, тот взял и поехал. После этого Федун ему написал сообщение, одну фразу. У них переговоры так и закончились. Бердыев давал интервью, где рассказывал, что сделал самую большую ошибку и извинился перед Федуном. Он признался, что реально был идиотом тогда», — сказал Сафонов.
В сезоне-2016/17 «Спартаком» руководил итальянец Массимо Каррера, который помог клубу одержать первую за 16 лет победу в чемпионате России. Бердыев летом 2017 года вернулся в казанский «Рубин».
