47-летний Попов возглавил «Черноморец» в конце января. Он сменил на посту Вадима Евсеева, который стал тренером махачкалинского «Динамо» в РПЛ.
«ФК “Черноморец” и главный тренер команды Денис Попов договорились о прекращении сотрудничества. Мы благодарим Дениса Александровича за проделанную работу и желаем успехов в дальнейшей карьере и в жизни», — говорится в сообщении на официальной сайте клуба.
Денис Попов родом из Новороссийска. Он начинал в «Черноморце» футбольную карьеру нападающего перед тем, как перейти в ЦСКА, попасть в сборную России и стать чемпионом страны в 2003 году.
После завершения карьеры футболиста Попов 25 сентября 2016 года стал главным тренером майкопской «Дружбы», выступавшей в ПФЛ. В феврале 2019 года он вошел в тренерский штаб клуба «Динамо» (Минск).
С января 2020 года Попов был старшим тренером СКА (Ростов-на-Дону), который возглавил через год.
В 2021—2022 годах Попов входил в тренерский штаб Сергея Юрана в «СКА-Хабаровск» и «Химках», а c августа по октябрь 2022 года был главным тренером башкирской «Уфы» в Первой лиге. 23 марта 2023 года он пополнил тренерский штаб владикавказской «Алании», где задержался до ноября 2023 года. В феврале 2024 года специалист стал главным тренером команды Медиалиги «СКА-Ростов». В 2025 году Денис Попов руководил «Муромом» в группе «Серебро» Второй лиги.
«Черноморец» занимает 15-е место в турнирной таблице ФНЛ сезона-2025/26. Команда набрала 29 очков за 28 матчей.