Мусаев работал в системе «Краснодара» с 2005 по 2021 год. С июня 2020 года по апрель 2021 года он был главным тренером команды. Под его руководством «быки» дважды выиграли бронзовые медали РПЛ и дебютировали на групповом этапе Лиги чемпионов.
«Я готов был остаться в структуре клуба, во второй команде, это в принципе было для меня интересно, потому что я всегда получал удовольствие, работая с молодыми футболистами. Это эмоции, это чистый футбол, они хорошо работают, я готов был рассмотреть предложение и остаться. Но по внутренним моментам, по развитию, как должна комплектоваться команда, были нюансы, в которых мы не сошлись. А Сергею Николаевичу уже было особо не до футбола в тот момент, там были тяжелые времена у него, и я поэтому принял решение не оставаться», — сказал Мусаев в выпуске «Коммент. Шоу».
Последние два года Мусаев работал в азербайджанском «Сабахе», который привел к серебряным медалям национального чемпионата. 1 февраля после разгромного поражения от «Карабаха» (1:7) в четвертьфинале Кубка Азербайджана он подал в отставку по собственному желанию.
13 марта «Краснодар» объявил о расторжении контракта с сербским специалистом Владимиром Ивичем. А уже 14 марта клуб назначил Мусаева на пост главного тренера, его контракт рассчитан до конца сезона.
