В 2017 году Балабан развелся с «Мисс Хорватия-1995» Ивой Радич, с которой они вместе воспитывали двух дочерей и сына. После развода у экс-футболиста были проблемы с уплатой алиментов, из-за чего в 2021 году суд приговорил Балабана к году лишения свободы условно с испытательным сроком на четыре года, обязав его выплатить алименты на сумму 80 тыс. евро. В установленный двухлетний срок Балабан так и не выплатил своей экс-супруге всю сумму задолженности по алиментам.
Отмечается, что после начала судебного разбирательства 45-летний Балабан перенес свои активы в Боснию и Герцеговину. Суд в Загребе постановил, что бывший футболист должен быть отправлен за решетку, даже если выплатит свой долг.
Бошко Балабан известен по выступлениям за загребское «Динамо», «Астон Виллу» и «Брюгге». На его счету 35 матчей за сборную Хорватии, в которых он забил 10 мячей. В составе национальной команды нападающий играл на двух чемпионатах мира — в 2002 и 2006 годах.
Балабан завершил игровую карьеру в 2015 году в малазийском «Селангоре», после чего стал футбольным агентом. В частности, он представлял интересы нападающего сборной Хорватии Андрея Крамарича, когда тот в 2015 год переходил из «Риеки» в «Лестер» за 10 млн евро.