Избранницей Мануэля Нойера стала Аника Биссель, выступающая за баварский гандбольный клуб «Регенсбург».
Нойер и Биссель состояли в отношениях на протяжении трех лет. Свадьба спортсменов не была публичным мероприятием и прошла в тесном семейном кругу. Аника сменила фамилию в профиле в соцсетях. Сообщается, что супружеская пара в скором времени ждет появления на свет ребенка.
C 2017 по 2020 год Мануэль Нойер был женат на Нине Вайсс, занимающейся конным спортом.
Нойер — воспитанник клуба «Шальке 04», за «Баварию» выступает с 2011 года. На счету Нойера 117 матчей за сборную Германии и 493 матча за мюнхенский клуб во всех турнирах. В октябре 2023 года Нойер вышел на поле впервые за 10 месяцев — голкипер получил перелом ноги, катаясь на лыжах во время отпуска.